Suomen merimieskirkko on rekisteröity yhdistys, joka hankkii käyttövaransa kokonaan itse. Kirkollisveroetua merimieskirkot eivät nauti. Rotterdamin merimieskirkon omavaraisuusaste on 70%. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä, että kaikki ne palvelut ja toiminnat, joita merimieskirkko tarjoaa ja ylläpitää kustannetaan niillä varoilla, jotka itse Alankoimaista pystytään keräämään. Merimieskirkko saa tulonsa pääosin kanttiinitoiminnasta, myyjäisistä, avustuksina, lahjoituksina ja yhteistyösopimuksina.